1992 年 全国优秀期刊二等奖

中国科学院优秀期刊二等奖

中国科协优秀期刊二等奖

2000 年 中国科学院优秀期刊二等奖

2001 年 中国期刊方阵“双百期刊” 中国新闻出版总署中国期刊方阵

2003 年　第一届中国科协期刊优秀学术论文奖

2004 年　第二届中国科协期刊优秀学术论文奖

此外，《植物分类学报》所发表的论文多次获奖，如

1956 年　首次国家自然科学奖颁布时钟补求先生以连续发表在《植物分类学报》上的《马先蒿属的一个新系统》获得国家自然科学奖二等奖。

1993 年　惟一的国家自然科学奖一等奖是以秦仁昌院士在《植物分类学报》发表的一篇文章——《中国蕨类植物科属系统排列和历史来源》为奖项全部内容而获得的。

2002 年  陈心启 先生等的“中国兰科植物研究”获国家自然科学奖二等奖。这个项目在《植物分类学报》上发表文章 48 篇，占报奖论文总数的 47.5% 。